L'Église Ouest
L’église occidentale est située au sud-ouest du site, le long de la voie sacrée qui menait de Mylasa à Labraunda, non loin de l’entrée moderne du site. Les découvertes numismatiques et céramiques indiquent une première phase de construction de l’église dans le premier quart du 5e s. ap. J.-C. (406 au plus tôt). Un parekklesion a été construit sur le côté sud de l’église principale en utilisant les restes d’un portique d’époque classique tardive (probablement post-hékatomnide). Un mur d’enceinte clôturait l’ensemble du complexe de l’église, tandis qu’un portail monumental permettait d’entrer par le sud-est. Vers la fin du 5e ou au cours du 6e s. ap. J.-C., la partie orientale du parekklesion fut modifiée par l’ajout d’une abside qui abritait un bassin d’eau.
À la même époque, la zone en face de l’abside a été rénovée par la pose d’une mosaïque monochrome blanche. La fonction du bassin n’est pas claire, mais, étant donné ses proportions modestes, il est peu probable qu’il fut utilisé comme baptistère. Compte tenu de sa situation au sein du complexe ecclésiastique, il est plausible qu’il s’agisse d’une hagiasma ou piscina. Une autre installation d‘eau avait déjà été mise au jour à l’intérieur de l’abside de l’église est ; il semble donc que le rôle de l’eau soit une caractéristique commune aux églises de Labraunda.
Au cours du Moyen-Âge (dans la période 700- 1000 ap. J.-C.), une chapelle fut construite à l’intérieur de la nef originelle de l’église. Les fouilles n’ont donné aucun matériel architectural qui puisse être attribué sans doute à ces phases de construction et l’étude de la céramique doit encore être complétée.
Malgré le peu d’informations archéologiques retrouvées dans ce niveau d’occupation, les comparaisons avec des chapelles semblables à Iasos et Gencik Tepe, près de Milas, semblent placer ce bâtiment dans un contexte architectural régional élargi. Il convient de relever les dimensions importantes de la chapelle à l’intérieur de l’église occidentale, qui dépassent largement celles des exemples voisins susmentionnés. Cela pourrait être le signe d’une position plus élevée de Labraunda au sein de la topographie régionale sacrée, position qui aurait perduré au cours de la période chrétienne et post-antique.
Cette fonction religieuse pourrait, en outre, avoir été un stimulus pour le site dans son ensemble, compte tenu de l’importance d’autres traces d’activité à la période byzantine en divers endroits du site.